Nos pacientes portadores de ceratocone, também há a possibilidade de empregar a técnica do cross-linking de córnea,  que consiste na aplicação de gotas de vitamina (riboflavina) na córnea durante 30 minutos, seguida pela exposição aos raios de luz ultravioleta por mais 30 minutos. O procedimento altera o colágeno da córnea, modificando a estrutura interna do tecido corneano, permitindo um aumento da rigidez do estroma da córnea. O objetivo principal da cirurgia de cross-linking com riboflavina é a estabilização da ectasia corneana, ou seja, é uma tentativa de impedir que a doença evolua ao longo do tempo. Os resultados dependem do grau de comprometimento da córnea. Normalmente, a indicação do procedimento é para os casos mais incipientes da doença. Esta técnica também tem sido empregada para o tratamento de ceratopatia bolhosa, sobretudo nos pacientes com olho doloroso.